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免费在线小工具-突变分析系列:SNP突变类型图

HellsegaMosken HellsegaMosken 2024-03-27



前言

之前我们分别介绍了突变信息的汇总图表小工具:

免费在线小工具-突变分析系列:突变注释信息汇总

免费在线小工具-突变分析系列:突变信息摘要图


SNP(单核苷酸突变性)是突变分析的一块基础内容,本工具就聚焦于SNP的统计分析。


输入数据格式说明

参见 免费在线小工具-突变分析系列:突变注释信息汇总


图片意义解读

左上图:碱基突变情况的统计,类似的图片在【突变信息摘要图】中也出现过。

右上图:碱基颠换和转换的比例,Ti指转换(嘌呤被嘌呤替代,嘧啶被嘧啶替代),Tv指颠换(嘌呤与嘧啶之间的替代)。

下图:所有样本中碱基突变比例,颜色与箱线图对应。箱线图(左上)呈现的是所有样本总的突变情况,百分比柱状图(下)呈现的是每个样本中突变的情况。类似的图片在【瀑布图】中也出现过。



参数说明

绘制图片类型:如图,可以只绘制部分图片。


样本Barcodes:决定是否显示样本,以及样本字号。


绘制箱线图刻痕:效果如下。



拓展分析

SNP突变类型分析只是突变分析中的基础内容,还有很多其他工具可以用于进一步挖掘数据,分析完成后,会自动跳出侧边栏,点击可直接进行下游分析,无需重新上传文件:


如我们点击一个【降雨图】分析,在弹框中点击跳转:

跳转后会提示文件传送成功,背景中的图片就是用您的文件进行绘制的结果(而不是示例数据啦)


更方便的是,在此分析完成后,您可以继续跳转完成其他拓展分析:


其他拓展分析我们会继续发文进行介绍,欢迎关注本公众号获取更多信息:


云工具

地址:https://www.omicstudio.cn/tool/74


参考资料

http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/maftools/inst/doc/maftools.html


参考文献

Mayakonda A, Lin DC, Assenov Y, Plass C, Koeffler HP. 2018. Maftools: efficient and comprehensive analysis of somatic variants in cancer.




还有什么想开发的云工具,可填写此调查问卷,选中并上线的话有机会免费获得联川生物书籍一本哦:https://www.wenjuan.com/s/UZBZJvPSgg/?is=qrcode


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联川生物云平台主页:https://www.omicstudio.cn/index


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